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隐孢子虫病的免疫学诊断具有弥补粪检不足的优点。

(1)粪便标本的免疫诊断：均需采用与卵囊具高亲和力的单克隆抗体。在IFAT的检测中卵囊在荧光显微镜下呈明亮黄绿色荧光，特异性高、敏感性好。适用于对轻度感染者的诊断和流行病学调查。采用ELISA技术检测粪便中的卵囊抗原，敏感性、特异性均好，勿需显微镜。流式细胞计数法可用于卵囊计数，考核疗效。

(2)血清标本的免疫诊断：常采用IFAT、ELISA和酶联免疫印迹试验(ELIB)，特异性、敏感性均较高，可用于隐孢子虫病的辅助诊断和流行病学调查。