研究人员使用最先进的基因组学和蛋白质组学技术来阐明其蛋白质组学特征，包括基因组成(基因组学)，对DNA的化学修饰(表观基因组学)，位于细胞中的信使RNA(其作为模板来制造蛋白质)(转录组学)，蛋白质(蛋白质组学)及其通过磷酸基团的修饰(phosphoproteomics)，一种通过打开或关闭来调节蛋白质功能的修饰。该工作是美国国家癌症研究所临床蛋白质组学肿瘤分析协会(CPTAC)的一部分，该协会致力于通过蛋白质组学更好地了解癌症。

研究人员说，在他们的发现中，有3p染色体的缺失是ccRCC的明显特征，几乎发生在研究中的所有肿瘤样本中。

此外，研究人员根据他们的免疫细胞差异确定了ccRCC的四种不同的基于免疫的亚型，这些亚型可能可用于帮助预测患者的整体存活率和对治疗的反应。

在所有肾癌中，ccRCC占75%，每年约等于65,000个新病例。手术切除仍然是尚未扩散到肾脏以外的癌症的唯一有效治疗方法，但是有30%的患者在诊断时表现出晚期疾病。

“从历史上看，ccRCC被认为对常规化学疗法和放射线具有抵抗力，并且对几种FDA批准的药物的反应受到限制，”病理学和肿瘤学教授，该中心主任Daniel W. Chan博士说。约翰·霍普金斯大学医学院的生物标记发现和翻译专业。“美国国家癌症研究所的癌症基因组图谱(TCGA)已对导致包括ccRCC在内的许多癌症的遗传变异进行了分类，但问题仍然存在。”

张辉博士说：“我们的结果说明了癌症发展的复杂性，除基因组学外，我们还可以使用蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学来了解有关癌症表型及其异质性的更多信息。”，这项研究的首席研究员，病理学和肿瘤学教授，约翰·霍普金斯大学医学院的质谱核心设施负责人。

主要研究作者，博士后研究员戴维·J·克拉克(David J. Clark)说：“仅用一种分子研究来了解癌症已经不够了。需要一种多组学方法来完全表征癌症。”

Clark补充说，目前，无法通过外科手术治愈的ccRCC的一线治疗重点在于抑制血管生成，即癌症发展新血管以维持营养和生长的过程，并靶向称为mTOR的蛋白激酶，该蛋白激酶有助于控制细胞存活和分裂。他说，蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学数据的叠加使研究人员有可能发现更多的新药开发潜在靶标。