自2006年以来，单一流行性腮腺炎病毒已在美国占主导地位，并导致了在2016-17年爆发的全国范围内看到的许多大量病例。在2月11日发表在开放存取期刊PLOS Biology上的一篇论文中，麻省理工学院和哈佛大学博德分校的Pardis Sabeti及其同事分析了患者拭子样本中的200多个腮腺炎病毒全基因组，提供了在标准公共卫生监测工作中无法获得的见解。

尽管接种率很高，但2016年和2017年美国报告的腮腺炎病例异常多。疫苗诱导的免疫力降低可以部分解释近期的复苏，但目前尚不清楚正在传播的病毒中有多少遗传改变可能对此有所贡献。

研究人员对203例患者(主要来自马萨诸塞州)的整个腮腺炎病毒基因组进行了测序，其中包括2014年至2017年间收集的其他州的43例。将整个基因组序列与流行病学数据相结合，他们的分析表明该疾病的严重程度在美国流行，将以前认为不相关的爆发联系起来，并追踪社区之间的传播。

研究表明，高质量的基因组数据在腮腺炎的公共卫生监测中具有价值，并建议未来的工作应纳入全基因组测序。Pardis Sabeti说：“了解腮腺炎病毒等病原体的序列数据可以帮助更快地了解传染病的传播，并使研究人员能够检测基因组中可能影响疾病严重性或疫苗效力和诊断的变化。”