当在受污染的水中食用时，微观寄生虫隐孢子虫可引起胃痉挛，腹泻和发烧的症状。现在，研究人员在ACS期刊“环境科学与技术”上报道，在明尼苏达州公共供水系统中大约40%的调查井中发现了寄生虫的证据 - 甚至是不受地表水影响的水井。该团队强调，他们不知道寄生虫水平是否足够高，实际上是否会导致健康问题。

与饮用水源相关的大多数隐孢子虫疫情已被追溯到地表水，例如被污水排放或牲畜径流污染的湖泊和河流。相比之下，地下深层含水层的水不被认为是脆弱的，因为覆盖的土壤和沉积物可以过滤出隐孢子虫卵囊。美国环境保护局要求公共供水系统使用地表水源监测并处理隐孢子虫污染，而地下水则不受这些法规的约束，除非已知地表水渗透。美国农业部农业研究局的Mark Borchardt及其同事

在两年的时间里，研究人员收集了来自明尼苏达州公共供水系统的145口井的水样。他们用称为定量聚合酶链反应(qPCR)的敏感技术测试了隐孢子虫DNA。研究小组发现，40%的水井至少检测过一次隐孢子虫阳性，而15%的水位检测阳性不止一次。标准的显微镜方法也显示了一些孔中的隐孢子虫。无论地下水是否受地表水影响，污染的普遍程度和水平都相似。研究人员说，这些结果表明，土壤可能无法完全阻止隐孢子虫卵囊到达地下水，因此，“应考虑对地下水供应的公共供水系统采取监测和处理措施”。