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成虫活时成暗红色，死后灰白色，外形似马鞭，前端细长，约占虫体长的3/5，后端明显粗大。鞭虫口腔极小，具有2个半月形唇瓣。在两唇瓣间有一尖刀状口矛，活动时可自口腔伸出。咽管细长，前段为肌性，后段为腺性。咽管外由呈串球状排列的杆细胞组成的杆状体包绕，杆细胞的分泌物可能具有消化宿主组织的酶，具有抗原性。雌虫长35～50mm，尾端钝圆，阴门位于虫体粗大部前方的腹面。雄虫长30～45mm，尾端向腹面呈环状卷曲，有交合刺1根，可自鞘内伸出，鞘表面有小刺。两性成虫的生殖系统均为单管型

鞭虫卵呈纺锤形(腰鼓形)，大小约为50～54×22～23μm，黄褐色，卵壳较厚，两端各具一个透明的盖塞(opercular blug)内含一个卵细胞。虫卵自人体排出时，卵壳内细胞尚未分裂 。