贝克动物健康研究所Charles Danko实验室的研究人员开发了一种新工具，用于研究在促进癌症生长的胶质母细胞瘤中发挥作用的遗传“转换”。在Nature Genetics的一篇新论文中，他们确定了不同类型肿瘤的关键开关，包括与患者存活时间有关的开关。

胶质母细胞瘤是一种在脑或脊髓中形成的侵袭性癌症。“这是一种毁灭性的疾病，没有好的治疗选择，”主要作者，Danko实验室的研究员Tinyi Chu说。即使患者接受治疗，大多数患者在确诊后仅存活15个月。

在这项新研究中，Danko的小组与纽约州立大学上州医科大学的同事合作，从其组织库中分析了20个胶质母细胞瘤样本。

“许多疾病，包括癌症，从根本上说都是基因使用方式的缺陷，而不一定是基因本身的缺陷，”生物医学科学助理教授Danko说。基因只占我们基因组的2%。称为转录因子的开关与基因组结合以打开和关闭这些基因，从而引发导致疾病的细胞变化。

为了分析这些肿瘤，研究人员使用了一种名为ChRO-seq的技术，该技术创建了一个开关活跃的图和它们打开的基因。共同作者康奈尔分子生物学和遗传学助理教授Hojoong Kwak最初发明了ChRO-Seq作为康奈尔大学的研究生，并与Danko的小组合作开发了新的应用程序。

使用ChRO-seq数据，该团队能够将胶质母细胞瘤分类为亚型，基于哪些特定开关在不同肿瘤中与健康脑组织相比具有活性。他们还确定了三个开关，这些开关将在更大的研究中进行测试，以确定他们预测哪些患者能够在疾病中存活更长时间的能力，包括两个以前未知的连接开关。

Chu现在正在分析一组更大的胶质母细胞瘤，将患者的生存和治疗结果与每个肿瘤中的活动开关联系起来。他希望这些结果可以为患者提供个性化的治疗计划，或者有助于在未来开发新疗法。

这项新技术不仅研究癌症，还研究由基因调控功能失常引起的许多其他疾病，如某些类型的心脏病或自身免疫性疾病。Danko说：“ChRO-seq为您提供了很多关于切换肿瘤或患病细胞的信息。”“它为您提供了一个思考如何关闭该关闭的起点。”