随着越来越多的大规模人类基因组测序项目的完成，科学家已经能够以越来越高的信心追踪人口的地理运动和潜在的遗传变异。

这些项目大多数都支持对欧洲人口的研究，因此缺乏代表全球真正种族多样性的机会。

为了更好地了解西班牙裔前墨西哥人的广泛人口历史并寻找适应性进化的标志，由墨西哥科学家领导的国际团队对来自五个不同土著的78个个体的基因组或外显子组的完整蛋白质编码区进行了测序。北部(Rara?muri或Tarahumara和Huichol)，中部(Nahua)，南部(Triqui或TRQ)和东南部(Maya或MYA)墨西哥组成的小组。基因组研究是针对美洲土著居民的最大规模的基因组研究，最近发表在《分子生物学与进化》高级在线版中。

主要作者说：“我们模拟了墨西哥土著居民的人口历史，北部和南部族裔(Tarahumara和Huichol)分裂了7.2 kya，随后分别在当地分裂了6.5 kya(Huichol组)和5.7 kya(Triqui和Maya)。”墨西哥国立自治大学的Maria A?vila-Arcos。由于纳瓦语给整体分析带来了噪音，因此将其排除在最终分析之外。

总体而言，他们在所研究的个体中鉴定出120,735个单核苷酸变体(SNV)，用于追溯种群历史。此外，他们能够将其数据与祖传美国原住民的人口历史和化石记录进行核对。

“我们发现的分裂时间也与先前的估计有关，即祖先的印第安人将KYA分为〜17.5-14.6 KYA到南部的印第安人或“祖先A”(包括中部和南部的印第安人)和北部的印第安人或“祖先B”，并且据墨西哥中部和尤卡坦半岛发现的最早的骨骼遗骸可追溯到大约12,000年前，最初的定居点发生在墨西哥。”阿维拉-阿尔科斯说。“来自中美洲和南美洲古代遗骸的全基因组数据研究表明，过去八千五百年来美洲某些地区古代与现代种群之间的遗传连续性。”

“这表明，到那时，MYA的祖先种群还没有与其他人群发生遗传分化，因此我们对北部/南部分裂的估计值为7.2 KYA，而玛雅/ Triqui峰的分裂估计为5.7 KYA，符合这种情况。”