揭开帕金森氏病基因组之谜的进展
2020年1月16日-国际帕金森氏病基因组学联盟(IPDGC)成立已有十年。在发表于《帕金森氏病》杂志上的文章中,该财团回顾了过去十年来帕金森氏病(PD)和相关疾病(包括路易体病,进行性核上性麻痹和多系统萎缩症)的基因组学进展,并展望了其未来的方向和研究重点。
自从首次定义PD以来,就怀疑其中有遗传成分。2009年6月,一小组研究人员开会讨论了一个潜在的针对PD遗传学的研究联盟。结果就是建立了IPDGC,该小组专注于合作遗传学研究,由信任,共享和“尽可能少的文书工作”实现。本文总结了IPDGC迄今所做的努力,并将其置于PD基因组学十年发展的背景下。它还讨论了IPDGC的未来发展方向及其在未来十年的研究重点。
主要作者安德鲁·辛格顿(Andrew Singleton)博士说:“ IPDGC的诞生是没有一个研究者可以孤立地实现现代人类遗传学的诺言。”美国医学博士。“我们意识到,要真正真正有效地利用PD领域中遗传技术的惊人成果,就需要一种高度协作的方法。这一概念将一小部分PD遗传学家与共同目标建立了有效,透明和功能协作。”
自成立以来,IPDGC有了长足发展,现在包括来自世界各地的100多名科学家,每年至少召开一次会议。重点还扩展到包括大规模的PD临床和功能研究。最近,IPDGC在东亚和非洲启动了重大研究工作,并将在印度和南美正在进行的重大工作中的合作列为优先事项。
辛格尔顿博士说:“全基因组关联(GWA)数据的协调分析也许是IPDGC的第一个成功,并且继续成为我们工作的主要内容。”这项工作集中于来自美国,加拿大,英国,威尔士,荷兰,法国,德国,意大利,西班牙,奥地利,芬兰,挪威,爱沙尼亚和澳大利亚的IPDGC成员病例和对照队列的可用全基因组SNP基因分型。这些研究涉及IPDGC内部以及与行业团体的合作,包括Genentech和23andMe。从围绕约1,500个病例和类似数量的对照的最初努力到最近的包括超过50,000个病例和代理病例的密集基因分型的努力,这些样品系列的来源多样性和规模都得到了很大的增长。约140万个控件。与其他疾病一样,随着样本量的增加,检测到的能力和基因座数量也随之增加。当前,约有90种PD的已知风险变体。
IPDGC成员之间的合作增进了知识,包括:
发现脑组织,特别是黑质神经元,在疾病过程中至关重要,这一发现与阿尔茨海默氏病所观察到的形成鲜明对比,在阿尔茨海默氏病中,免疫细胞是遗传风险的关键效应因子。
遗传估计方法的应用,例如全基因组复杂性状分析(GCTA)和连锁不平衡得分回归(LDSC),表明疾病责任的16-36%由常见的遗传变异性驱动。
使用大型IPDGC遗传数据集(当前包括20,000多个病例和20,000个对照)作为基础,可以进行多个高级分析以预测疾病,为GWAS基因座分配更多的“功能”或生物学,并确定潜在的疾病相关途径。
鉴定与PD相关的新基因或途径,例如VPS13C突变是导致年轻PD的原因。
资源创建,包括开发基因分型阵列和可浏览的结果页面。